2008年3月4日，科技部基础司、国家自然科学基金委组织的工程科学领域国家重点实验室评估专家组对水文水资源与水利工程科学国家重点实验室进行了现场评估。
    现场评估会议上，实验室彭世彰主任作了工作报告，陈喜教授、窦希萍教高、刘凌教授、张行南教授和王慧敏教授分别代表5个研究方向作了“流域水文物理过程及数值模拟”、“河口水沙运动机理及长江口深水航道治理关键技术”、“平原河网地区水环境演变规律及生态调控技术”、“水资源配置理论方法及情景模拟系统”、“多主体合作的水管理理论与模式”代表性研究成果学术报告，评估专家对实验室工作报告和学术报告进行了认真质疑和讨论。
    评估专家组考察了实验室相关研究平台、铁心桥实验基地相关实验室、重大仪器设备工作和运行状况，对实验室提交的各类项目合同书、获奖证书、相关文件等原件（或复印件）、学术著作，实验原始记录、设备运行记录、有关规章制度，博士后、研究生及其导师名单，以及实验室编制的年报、简报等材料进行了仔细审阅；评估专家组还对实验室管理机制、人才队伍建设、对外开放等方面进行了调研质疑，并对实验室固定人员、流动人员进行了个人访谈。
    专家组根据评估指标体系对水文水资源与水利工程科学国家重点实验室形成了综合评估意见，认为：
    1、实验室集中了河海大学与南京水利科学研究院的优势力量，五年来,在优势水利学科长期积累的基础上，紧密围绕国家重大需求，瞄准国际学科前沿，凝炼并形成了水资源合理配置与高效利用、水旱灾害形成机理及防灾减灾、水生态与水环境演变规律及保护、河口海岸综合治理与保护及水经济与管理等五个稳定和具有特色的研究方向，开展了大量应用基础研究和关键技术创新，取得了一批富有创新性和广阔应用前景的研究成果，满足了国家水资源开发和重大水利工程建设关键技术的需求，为国家水利事业做出了重大贡献。实验室特别在水文水资源及防灾减灾、水环境演变及保护、河口海岸综合治理等领域具有明显优势，在国内具有引领带动作用，在国际上具有重要影响力。实验室总体定位准确。
    2、领导班子团结务实，工作勤奋，勇于创新，事业心强。实验室拥有1名杰出青年基金获得者、2名长江学者、1个教育部创新团队，形成了一支年龄、专业和学历结构合理的高水平科研队伍。
    3、实验室发挥产学研紧密结合的优势，在对外开放、交流与合作方面的工作卓有成效，有多人次在国际权威学术组织的相关委员会任职。实验室开放度高，已成为我国水文水资源与水利工程领域的重要研究基地。
    4、依托单位在人力、物力、财力等方面给予了大力支持。实验室管理有序，规章制度健全，实验仪器设备先进，工作环境良好。
专家组针对实验室存在的杰出青年领军人才略显偏少和在国际权威刊物上发表的研究论文偏少两个问题，提出了实验室进一步发展的建议：
    1、在现有学术团队建设的基础上，进一步强化杰出青年人才的培养与引进力度，形成具有国际竞争力的一流科研创新团队。
    2、在保持原有研究特色的同时，进一步加强研究成果的凝练与提升，鼓励在国际上发表有影响的高水平学术论文，提高实验室的国际知名度和影响力。
    3、进一步加强实验室资源的配套整合，更好地发挥产学研结合的优势。
最近，科技部基础司、国家自然科学基金委已正式通知，水文水资源与水利工程科学国家重点实验室顺利通过评估。