我院的发展定位是国家级社会公益类的科研机构，这就要求我院在创新发展中要“不忘初心”，牢固树立科技创新服务国家、造福人民的科技价值观，把我院发展与国家和行业发展需要紧密结合起来，把科技创新成果写在祖国大地上。我院确立的中长期发展目标是：到2020年，建成“具有鲜明特色优势、创新能力雄厚、在国际上具有重要影响力”的综合性水利科研机构；到2030年，建成国际一流的综合性水利科研机构。为实现这一目标，“十三五”期间我们将全面实施“三个六”工程，即：建设“六大”优势专业方向，就是要将我院水文基础理论与方法、通航水力学与枢纽工程 、河流海岸动力学与工程泥沙 、土石坝筑坝技术与安全管理、水工新材料与工程结构、洪旱灾害防控理论与方法等建成综合创新能力达国际领先或先进水平的优势专业方向；建成“六大”创新研发基地，就是要全面建成南京院本部的前沿基础研究与人才培养基地、 铁心桥水科学与水工程综合实验基地、安徽滁州的流域水文及生态环境实验基地、安徽当涂的水工程科学试验及科技开发基地、江苏无锡的水环境治理研究基地、杭州的农村电气化与再生能源研发推广基地，大力提升科研实验条件与能力，使我院综合试验能力达国际领先水平，支撑未来30年可持续发展；取得“六大”创新突破，就是要在学科建设布局、高端人才队伍培养、国家级科研平台建设、重大科研成果产出、科技支撑能力建设、管理体制与机制改革等六个方面取得新突破。全院各级党组织要紧密围绕我院“十三五”创新发展的实际，勇于实践、勇于创新、勇于担当，为把我院建成国际一流的综合性水利科研机构做出更大贡献。