南京水科院通过加强国际科技合作，发展水利外经，探索科技产品自营出口，初步形成了以外事、科研、经贸为主体结构的对外工作框架，取得了显著成绩。1995年底在水利部的支持下，经外经贸部批准，南京水科院取得科技产品出口经营权，进一步促进了对外开放。与香港迅捷建筑工程有限公司签订了合同，在香港从事地质钻探、检测等技术合作；与日本MUS公司达成出售南科院电栅拦鱼技术，计6万美元（500万日元）。与日本国立环境研究所已签订了利用日方经费合作开展水环境研究的意向协定；向马来西亚销售71.39万元院生产的大坝原观仪器；与美国安然电力公司签定合同，进行了碾压地基质量检测工作。1995-1996年度签订的对外科技和技术输出合同共180万美元。与香港迅捷公司合作承接了香港机场、九龙车站勘探检测项目。与香港迅捷公司签订了分包合同，营业额每年200万港币，4月院派12人和部分设备进港，合同期二年，其工作进度和质量已经达到或超过香港同类性质队伍，获得了好评。马来西亚Teluk Bahang供水工程原型观测项目进展顺利，工作质量好，南科院派到现场负责原观仪器设备埋设技术指导的工程师，主动承担了土石坝的应力应变分析与设计工作，得到中水公司的一致赞扬。马来西亚沙捞越航道整治物理模型试验项目，物理模型的工作，马方对南科院工作给予了肯定。其它如马来西亚沙捞越河雨季水文测验项目、韩国三星集团重工船厂可行性研究项目，以及日本Janus公司与院签订的电栅拦鱼技术的合作项目也都较好完成。此外，还首次向台湾出口10个微型孔隙水压力计，参与了老挝南累克“土石坝工程原观与材料设备”的投标工作；1997年，共执行涉外项目9个，合同额116.50万美元，办理外贸代理，合同额17万美元。1998年，全年承担涉外任务15项，合同额为203.5万元，办理外贸代理业务500万元。2000年南科院利用外贸进出口自营权，办理进出口项目4项。